Loutra liegt in der Regionalgemeinde Rethymno, in der Gemeinde Rethymno und der Gemeindeeinheit Arkadi. Das Dorf befindet sich etwa 2 km von der Bucht von Rethymno und rund 8 km von der Stadt Rethymno entfernt. Es erstreckt sich an der Hauptstraße von Pigi nach Arkadi und zieht sich von dort etwa 1,5 km in östlicher Richtung.
Loutra liegt inmitten von Olivenhainen. Enge Kopfsteinpflastergassen, Bougainvillea-Sträucher, venezianische Gebäude und die Wappen der Familie Kallergi prägen das Ortsbild.
Schon in venezianischen Quellen des 16. Jahrhunderts wird das Dorf unter dem Namen Lutra erwähnt. An anderer Stelle taucht es als Lustra oder Lucia auf. Seinen Namen verdankt es den Bädern (griechisch Loutrà) der Bewohner des nahen Dorfes Aliakes, das heute nicht mehr existiert.
Ruhig im Hinterland gelegen, bleibt das Haus nah am Meer. Der Strand von Stavromenos ist in der Nähe, ebenso die Stadt Rethymno mit ihrer Altstadt, der venezianischen Festung Fortezza und dem Hafen mit seinen Tavernen. Auch das Kloster Arkadi, ein bekanntes Ziel in der Region, liegt in der gleichnamigen Gemeindeeinheit.